揭秘日本历史：细川政权是怎么崩坏的？
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细川澄元、三好之长死去时，澄元之子晴元只有六岁，继承三好家的三好之长的孙子三好元长只有十九岁，尽管足利义稙前去投靠他们，但是阿波守护家的势力暂时还是难以与细川高国抗衡。
大永六年(1526年)，细川高国突然杀死了重臣香西元盛，自毁长城的细川高国给了阿波守护家一个介入京畿局势的好机会。劳苦功高的香西元盛蒙受不白之冤而死，让丹波国的国众们对细川高国感到心寒，便纷纷向阿波国的细川晴元表示忠心。香西元盛的义兄波多野元清、弟弟柳本贤治更是在丹波国的八上城、神尾山城举兵，要与细川高国决一死战。
十二月十三日，细川晴元、三好元长响应丹波国众的请求，派遣三好胜长、三好政长率军渡海，于堺港登陆，没多久丹波国、摄津国就都落入了细川晴元的手中。为此，细川高国不得不亲自出战，他向播磨赤松家、若狭武田家、越前朝仓家与近江六角家派去了使者，请求盟友派遣援军。然而除了若狭武田家派出两千援军以外，其余三家均不想与势头正盛的晴元军交战，便都作壁上观。
大永七年(1527年)二月十三日，高国军与晴元军在桂川交战，双方都押上了全部底牌，最终失去大部分家臣支持的细川高国战败，逃回了京都。次日，细川高国带着幕府将军足利义晴流亡近江国，许多幕府的奉行人、评定众也随着将军一起离开，室町幕府实质上停止了运作。
二月二十二日，细川晴元、三好元长拥戴足利义稙养子足利义维渡海进入堺港，由于细川晴元方的势力在瓜分细川高国领地时侵占了不少寺院的领地，导致朝廷对他们有些不满，刚继位不久的后奈良天皇一度拒绝了足利义维的任官申请。不过，最终朝廷还是让足利义维叙任从五位下左马头，授予其开设阵仪的许可，让他成为事实上的将军继承人。
九月中旬，细川高国终于说服了朝仓家与六角家，三家组成了一支共五万四千人的军势反攻上洛，晴元军一方的人数则比高国军少得要多，主力分别是三好元长与畠山总州家家督畠山义尧二人率领的军势。高国军先是击败了畠山义尧的军势，但是另外一边三好元长率领的阿波国众却击败了朝仓军，扭转了败势，两方在京都陷入了对峙的局面。在此期间六角军、朝仓军不愿长期在京纷纷退却，细川高国也只能返回了近江国，而晴元军一方，由于柳本贤治的谗言，三好元长也率军离开了阵地。
此后的细川高国依旧在为重返京都而四处奔波，他先与伊贺国守护仁木氏以及伊势国国司北畠氏交涉，希望两家派出军队支援自己，在被两家拒绝以后，细川高国又渡海前往出云国，想说服当时如日中天的尼子经久率军上洛，不过也被尼子经久给拒绝了。最终，细川高国流落到了备前国，依靠备前国守护代浦上村宗。浦上家虽是赤松家家臣，但是早已有了下克上的倾向，浦上村宗正好也想借这个机会统一赤松家内的各个派系，便同意了细川高国的上洛请求。
享禄三年(1530年)六月，浦上村宗与细川高国一同侵入了播磨国，由于晴元军派来的主将柳本贤治被二人派出的刺客刺杀，播磨国落入浦上村宗与细川高国手中，二人随后立即侵入了摄津国，夺取了多座晴元方的城池。
此时的细川晴元没有选择，他一边与三好元长交涉，解释先前的事情都是柳本贤治的谗言，请求三好元长不计前嫌派出军队，而后又与赤松家的家督赤松政村联络，希望赤松政村能够号召赤松家家臣起兵讨伐浦上村宗。
三好元长收到细川晴元书信时已经在阿波国，见主君言辞恳切，他便立即率军渡海抵达摄津国，果然在此地阻挡住了浦上·高国军的攻势。恰好在这个时候，赤松政村加入了晴元军的消息传到了浦上·高国军的阵地之中，得知后路被抄的浦上·高国军士兵士气大跌，三好元长随后下令发起总攻，浦上村宗不知所踪，细川高国则战败自尽。
随着细川高国之死，持续了数十年的“两细川之乱”才算告一段落。然而在这个时候，由于细川高国、细川澄元等人的内讧，使得无论是细川京兆家还是室町幕府，都开始出现了崩坏的局面，室町幕府的真正衰弱时期，其实正是这段时期而不是战国时代前期。
另外一方面，此时的细川晴元虽然统一了细川京兆家，但是畿内的对峙依旧存在，足利义维所在的“堺幕府”与足利义晴所在的近江国形成了对立的局面，而“堺幕府”内部也出现了许多矛盾。当然，“堺幕府”内部的最主要矛盾还是老生常谈的阿波众与畿内众的对立，只是这一次，进入京畿后的细川晴元以细川京兆家家督的立场站在了畿内众的一方。
在这期间，由于被称为“堺大树”的足利义维支持阿波众，细川晴元便决定与近江国的足利义晴和谈，改为拥立足利义晴为主。与足利义维相比，当时足利义晴是各地大名普遍认可的正统的幕府将军，而足利义晴的政权在细川高国死后，“管领”一职也出现了空缺，因此各有所需的双方一拍即合，缔结了盟约。
为了对付阿波众的主力三好元长，细川晴元不惜煽动一向一揆攻击三好军，逼迫三好元长自尽。可是在三好元长死后，一向一揆逐渐失控，细川晴元又开始煽动法华宗、天台宗、临济宗等宗派攻击一向宗，等到法华宗崛起以后，细川晴元又与天台宗一同镇压法华宗的势力。细川晴元这种通过引发更大的麻烦来解决眼下麻烦的做法，让京畿陷入了一片混乱之中，从此以后法华宗、一向宗、天台宗等宗教势力开始左右京畿的武家斗争，直到织田信长时期方才被平定。
除此以外，被细川晴元害死的三好元长之子三好长庆也在暗处蓄势待发，三好长庆有着阿波守护家的支持，以细川晴元家臣的身份在畿内不断地扩张着势力。到了天文十七年(1548年)时，拥有足够力量的三好长庆终于对细川晴元举起反旗，奉细川高国的养子细川氏纲为主，将细川晴元驱逐出了京都。
此后，细川晴元虽然一直与三好长庆交战，但是三好长庆与父亲三好元长不同，他将三好家的根据地从阿波国迁到了摄津国，做好了在京畿扎根的打算，因而细川晴元根本没有能力能够阻挡日益崛起的三好家。
永禄四年(1561年)，由于三好长庆的弟弟十河一存去世，细川晴元与畠山高政(尾州家)、六角义贤一同举兵与三好长庆敌对，但是晴元军很快就被三好军击败，细川晴元也被迫前往摄津国的普门寺隐居，于两年后去世。曾经在京畿只手遮天的细川京兆家，自细川政元死后就开始内乱不断，到细川晴元时代，更是被阿波三好家取代，细川京兆家也逐渐被历史的潮流给吞没了。
值得一提的是，在战国时代后期活跃于安土·桃山政权中的细川藤孝一系的细川家，出自细川京兆家的庶流和泉上守护家，在他们的努力下，细川一族的传奇仍旧在继续。